Микробиологический контроль сырья:
дрожжи - полный анализ морфологических и физиологических особенностей (морфология и размеры клеток, процентное содержание мертвых клеток, содержание гликогена в клетках, подсчет количества клеток в камере Горяева, стойкость к автолизу, наличие посторонней микрофлоры);
вода - определение наличия и содержания посторонней микрофлоры (ОМЧ, БГКП);
зерно - определение качественного и количественного состава грибной микрофлоры ячменя и солода, определение содержания в зерне микотоксинов (ДОН, зеараленон, Т-2 токсин, афлатоксин B1, охратоксин А и др.);
воздух помещений и технологический воздух, углекислота (ОМЧ, БГКП, дрожжи и плесени).

Микробиологический контроль готовой продукции (пиво, квас, сидр, медовуха, слабоалкогольные и безалкогольные напитки): 
прямой высев или мембранная фильтрация с последующим культивированием на различных диагностических средах для выявления БГКП, КМАФАнМ, диких и культурных дрожжей, молочнокислых и уксуснокислых бактерий, анаэробной микрофлоры - мегасферы и пектинатуса.

Санитарно-микробиологический контроль на предприятиях по производству пива, кваса и других напитков:
анализ санитарно-микробиологического состояния в критических точках производства по системе НАССР (ХАССП):

МИЦ « Пиво и напитки XXI век» для расширения микробиологического контроля производства расфасованной воды и безалкогольных напитков проводит выявление следующих микроорганизмов:

• водорослей, а также железо – и марганецеобразующих бактерий и реализует соответствующие инструкции контроля (ИК 11.07.11-52767432-269-2017 и ИК 11.07.11-52767432-271-2018);
• проводит выявление спорообразующих бактерий р. Alicyclobacillus, вызывающих порчу соков и сокосодержащих напитков, которая может наступить через несколько дней после розлива и выражается в появлении фенольного запаха и неприятного привкуса, схожего с запахом дыма и копченых продуктов